Власти, обвиняя митр. Вениамина в сопротивлении декрету и возлагая на него вину за происходившие в городе конфликты в связи с изъятием ценностей, настаивали, чтобы митрополит признал необходимость полного изъятия и снял наложенное на Введенского отлучение. 28 мая владыка Вениамин был арестован. О ситуации в городе епископ Алексий писал митр. Арсению: «Страшно тяжело все эти дни. Вы не можете себе представить, как разрывается все мое существо. Митрополит сегодня ночью увезен куда-то. Продолжаются аресты. Скоро суд, на коем будет повторение того, что было в Москве. Положение грозное» (Ист. арх. 2000. № 1. С. 79). 29 мая начался судебный процесс над митр. Вениамином и 85 клириками и мирянами Петроградской епархии (см. Петроградский процесс 1922 г.). 25 июля был оглашен приговор: митр. Вениамин и 9 др. обвиняемых были приговорены к расстрелу, шестерым из них 10 авг. смертная казнь была заменена заключением. Большинство обвиняемых были осуждены к различным срокам заключения со строгой изоляцией, 22 участника процесса были оправданы. Св. мученики митр. Вениамин, архим. Сергий (Шеин), Юрий Новицкий, председатель правления приходов Петроградской епархии, и Иоанн Ковшаров, член правления, были расстреляны 13 авг. 1922 г.

В этих трагических обстоятельствах 29 мая 1922 г. епископ Алексий вступил в управление Петроградской епархией, 30 мая он сообщил митр. Ярославскому священноисповеднику Агафангелу (Преображенскому), временно замещавшему находившегося под арестом Святейшего Патриарха Тихона, что встал во главе епархии и что полагает «для себя обязательным лояльное отношение к правительственной власти и подчинение ее законам» (цит. по: Казем-Бек. С. 92). Обновленцы по-прежнему настойчиво требовали от епископа Алексия признания организованного ими ВЦУ и снятия наложенного митр. Вениамином на Введенского отлучения. епископ Алексий, чтобы обеспечить, как он писал в одном из своих писем, «безопасность тех многочисленных несчастных, которые стоят у раскрытых могил», снял отлучение с Введенского, но решительно отказался от сотрудничества с обновленцами. Получив из Москвы от обновленческого руководства ультимативное требование: или немедленно признать власть ВЦУ, или покинуть Петроградскую епархию, епископ Алексий в связи с возникшей для него невозможностью продолжать управление епархией 24 июня 1922 г. сложил с себя эти обязанности.

В окт. того же года епископ Алексий был арестован по обвинению в «контрреволюционной деятельности», осужден и выслан на 3 года в Казахстан. Ссылку он отбывал в г. Каркаралинске (ныне Карагандинской обл.), где регулярно служил в городском храме. В эти годы епископ Алексий продолжал переписку со своим духовником митр. Арсением; владыка Алексий переписывался также с митр. Сергием (Страгородским), это сблизило двух иерархов и подготовило их последующее тесное сотрудничество. В марте 1926 г. епископ Алексий вернулся в Ленинград, где продолжил борьбу с обновленчеством. Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митр. Сергий (Страгородский) назначил епископа Алексия управляющим Новгородской епархией с титулом архиепископа Тихвинского, позже — Хутынского. Управление епархией архиепископ Алексий принял 2 сент. 1926 г.

Время после преставления Патриарха Тихона (7 апр. 1925) и ареста Патриаршего Местоблюстителя сщмч. митр. Петра (Полянского) (9 дек. 1925) характеризовалось полным расстройством церковной жизни, когда, по словам митр. Сергия (Страгородского), «церковный корабль почти не имел управления. Центр был мало осведомлен о жизни епархий, а епархии часто лишь по слухам знали о центре... и часто не знали, за кем идти, чтобы сохранить Православие. Какая благоприятная почва для распространения всяких басен, намеренных обманов и всяких пагубных заблуждений! Какое обширное поле для всякого самочиния!» (Новогоднее послание митр. Сергия от 31 дек. 1927 г., цит. по: Казем-Бек. С. 95). 18 мая 1927 г. с целью восстановления церковного управления Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митр. Сергий созвал в Москве совещание архиереев по вопросу образования Временного Патриаршего Священного Синода. В его работе активно участвовал архиепископ Алексий, включенный в состав Синода. С этого времени архиепископ Алексий принимал непосредственное участие в деятельности высших органов церковного управления. Весной — летом 1927 г. он участвовал в составлении текста Послания Заместителя Патриаршего Местоблюстителя и Временного Патриаршего Синода пастырям и пастве Всероссийской правосл. Церкви об отношении Патриаршей Церкви к Советской власти («Декларация» митр. Сергия). В Послании говорилось:

«Оставаясь православными, мы помним свой долг быть гражданами Союза «не только из страха, но и по совести», как учил нас апостол (Рим. 13,5)» (Акты свт. Тихона. С. 512). 27 июля архиепископ Алексий подписал Послание вместе с митр. Сергием и др. архиереями. Вспоминая впосл. об этом событии, Патриарх Алексий говорил: «Когда преосвященный Сергий принял на себя управление Церковью, он подошел эмпирически к положению Церкви в окружающем мире и исходил тогда из существующей действительности, и я был совершенно согласен с ним. Все мы, окружавшие его архиереи, были с ним согласны. Мы всем Временным Синодом подписали Декларацию 1927 г. в полном убеждении, что выполняем свой долг перед Церковью и ее паствой» (цит. по: Казем-Бек. С. 98).

9 апр. 1930 г. архиепископу Алексию было присвоено право ношения креста на клобуке. 18 мая 1932 г. отмечалось 5-летие со дня учреждения Временного Синода, он был возведен в сан митрополита с титулом Старорусский. 11 авг. того же года, после того как митр. Арсений был переведен на Ташкентскую кафедру, митрополит Алексий стал титуловаться митрополитом Новгородским и Старорусским. 5 окт. 1933 г., после ухода на покой митр. Ленинградского сщмч. Серафима (Чичагова), митрополит Алексий был переведен на Ленинградскую кафедру с сохранением управления Новгородской епархией. С этого времени митрополит Алексий занял по старшинству чести четвертое место в иерархии РПЦ того времени после Патриаршего Местоблюстителя митр. Крутицкого и Коломенского Петра (Полянского), Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митр. Сергия и митрополита Киевского и Галицкого. 30-е годы были чрезвычайно тяжелым временем для РПЦ. В 1935 г. власти запретили деятельность Синода, церковная организация была почти полностью разрушена. К 1939 г. в РПЦ на свободе оставались 4 правящих епископа, включая Алексия. В 1938 г. в Ленинграде было ок. 10 священников, в 1941 г. в городе действовали православные Николо-Богоявленский и Князь-Владимирский соборы, церкви Волковского, Большеохтинского, Серафимовского кладбищ и ц. во имя вмч. Димитрия Солунского в Коломягах. Из своих покоев в Новодевичьем Воскресенском мон-ре митрополит Алексий переселился на колокольню Князь-Владимирского собора. Владыка Алексий многое сделал для сохранения в своей епархии канонического строя церковной жизни, укрепления церковной дисциплины, настойчиво боролся с обновленчеством, а также с сепаратистскими течениями и др. расколами. Впоследствии Патриарх Алексий. с благодарностью вспоминал о 18 годах постоянного и тесного сотрудничества с митр., впоследствии Патриархом, Сергием как о самом значительном, самом ценном и самом учительном периоде в его жизни (Казем-Бек. С. 107). В нояб. 1938 г. в ознаменование 25-летия архиерейского служения и 5-й годовщины пребывания на Ленинградской кафедре митрополит Алексий был награжден правом ношения 2 панагий.