Первоначально власти не предъявляли каких-либо претензий епископу Алексию. Однако в янв. 1920 г. он и митр. Арсений неожиданно были арестованы новгородской ЧК, им вменялось в вину совершение предварительного, без санкции органов власти, освидетельствования мощей. Спустя некоторое время оба архиерея были выпущены на свободу под поручительство. Пока шло следствие, им разрешалось совершать богослужения в храмах Новгорода, в отдельных случаях по просьбам верующих и с санкции губернской ВЧК архиереи выезжали для служения в храмах Новгородской губ. 1 нояб. 1920 г. Новгородский ревтрибунал рассмотрел «дело о действиях духовенства в связи с имевшим место в марте прошлого года освидетельствованием мощей в новгородском Софийском соборе, произведенном Советской властью». Епископ Алексий на заседаниях трибунала не признал себя виновным и заявил, что освидетельствование мощей является «делом исключительно церковным». Владыка Алексий и др. клирики за возбуждение, как сказано в приговоре, «несознательных элементов к критике и недовольству распоряжением Советской власти» были приговорены к различным срокам заключения в концлагере — от 2 до 5 лет. Все приговоренные тут же на основании первомайской (1920) амнистии были освобождены от наказания.

Спустя 2,5 месяца, в февр. 1921 г., Новгородский ревтрибунал слушал т. н. дело Новгородского епархиального совета. На скамье подсудимых оказались 15 членов совета, среди них митр. Арсений и епископ Алексий. Они обвинялись в том, что действовавший до сент. 1920 г. епархиальный совет присваивал себе судебные, розыскные, карательные, налоговые, организационные и хозяйственные функции, что приводило к «дезорганизации гражданской жизни Новгородской губернии» и нарушало циркуляр Наркомата юстиции от 18 мая 1920 г. о прекращении деятельности тех органов церковного управления, к-рые незаконно присваивают себе права юридических лиц. Несмотря на юридическую несостоятельность обвинения, вытекавшую из того факта, что акты внутреннего управления отделенной от государства Церкви не имеют гражданской юридической силы, трибунал признал вину обвиняемых доказанной. Однако, посчитав возможным применить ко всем, за исключением митр. Арсения, амнистию, приговорил всех обвиняемых к лишению свободы условно на сроки от 3 до 5 лет. Митр. Арсений был приговорен к высылке в Архангельскую обл.

Перевод в Петроградскую (Ленинградскую) епархию.

Дабы упредить в последующем возможные судебные преследования в отношении епископа Алексия, Патриарх Тихон по просьбе митр. Петроградского и Ладожского сщмч. Вениамина (Казанского) 21 февр. 1921 г. назначил Алексия первым викарием Петроградской епархии с титулом епископа Ямбургского. Переехав в Петроград, епископ Алексий жил вначале в доме при Казанском соборе, потом в Александро-Невской лавре. В апр. того же года в Петроград приехал бывш. еп. Пензенский Владимир (Путята), лишенный сана Собором в 1918 г. и активно поддерживаемый властями, которые с его помощью хотели создать «советскую Церковь». Владимир сообщил об уже состоявшемся решении Патриарха Тихона и Патриаршего Синода о переводе епископа Алексия на Пензенскую кафедру и, очевидно преследуя какие-то свои корыстные цели, всячески уговаривал Алексия покинуть Петроград, обещая при этом поддержку в Пензенской епархии, страдавшей в то время от церковных расколов. В личном письме епископ Алексий просил Патриарха Тихона оставить его епископом Ямбургским. Об этом же просил Патриарха митр. Вениамин, и перевод не состоялся. Епископ Алексий сослужил митр. Петроградскому Вениамину, возглавлял служения в храмах Петрограда и в пригородах, посещал мон-ри. В течение всего 1921 года епископ Алексий предпринимал усилия, чтобы помочь митр. Арсению, который направил в Верховный трибунал кассационную жалобу на решения Новгородского трибунала по его делу. Епископ Алексий обратился за помощью к известному адвокату А. Ф. Кони и через него, а также через др. знакомых передал письма с просьбой пересмотреть дело митр. Арсения М. Горькому, В. И. Ленину. В результате ссылка митр. Арсения в Архангельскую обл. была отменена и он остался в Новгороде.

Весной и летом 1921 г. наиболее хлебородные р-ны Европ. части России и неск. регионов Украины оказались охваченными сильнейшей засухой. В тисках надвигавшегося голода оказалась территория с населением более 31 млн. чел. Святейший Патриарх Тихон и М. Горький в нач. авг. 1921 г. совместно выступили с инициативой создания Всероссийского комитета помощи голодающим (Помгол) для организации сбора помощи и ее распределения, председательство в котором принял на себя Предстоятель РПЦ. Одновременно Святейший Патриарх обратился к Предстоятелям Поместных Православных Церквей, к папе Римскому, к архиепископам Кентерберийскому и Йоркскому с призывом во имя христианской любви провести сбор денежных пожертвований и продовольствия в помощь голодающим. Активная деятельность комитета вызвала недовольство гос. власти, и уже 27 авг. 1921 г. он был упразднен декретом ВЦИК, учредившего одновременно «Центральную комиссию помощи голодающим».

19 февр. 1922 г. свт. Тихон обратился с призывом к пастве о помощи голодающим и к приходским советам — о необходимости жертвовать для этой цели церковные ценности, кроме предметов, употребляемых при богослужении. 23 февр. 1922 г. ВЦИК принял декрет об изъятии из храмов национализированных ранее гос-вом всех ценных предметов, включая и богослужебные сосуды (см. Изъятие церковных ценностей). 28 февр. Святейший Патриарх своим посланием осудил эту акцию как святотатственную и одновременно подтвердил необходимость передачи в помощь голодающим драгоценных церковных украшений и всех др. предметов, не имеющих богослужебного употребления. При изъятии церковных ценностей в различных районах страны произошли столкновения между верующими и милицией. 9 мая 1922 г. Святейший Патриарх Тихон был арестован и привлечен к судебной ответственности, до 25 июня 1923 г. он находился под арестом.

В марте — апр. 1922 г. изъятие церковных ценностей проходило в Петрограде, в некоторых случаях оно сопровождалось столкновениями между верующими и отрядами милиции. В непосредственной связи с проводившейся кампанией, при активной поддержке властей, желавших расколоть Церковь, среди петроградского духовенства сформировалась группа священников, к-рая выступала в поддержку декрета и за выдачу властям всех драгоценных предметов, в т. ч. и богослужебных, а также и за «демократические реформы» в Церкви (см. Обновленчество). Ее представители во главе с прот. Александром Введенским выезжали в Москву, где 18 мая получили от властей возможность встретиться с находившимся под арестом Святейшим Патриархом Тихоном. По возвращении они заявили о том, что Патриарх будто бы дал им санкцию на формирование временного Высшего церковного управления (ВЦУ) и подготовку Поместного Собора. Митр. Вениамин за раскольнические действия анафематствовал Введенского и неск. его сторонников. Обновленцы делали попытки привлечь епископа Алексия к работе в ВЦУ. Владыка Алексий отказался, сославшись на то, что, во-первых, на это нет благословения митр. Вениамина и, во-вторых, нет исчерпывающих данных для признания этого учреждения каноническим и действующим с благословения Патриарха. (Уже будучи Патриархом, Святейший Алексий следующим образом охарактеризовал обновленчество: «Обновленчество как таковое по существу не ересь и даже не раскол, как мы понимаем этот термин во всем его объеме. Оно не более как рабское следование путем ветхозаветного Хама и новозаветного Иуды» (цит. по: Казем-Бек. С. 96)).