Хиротония во епископа Тихвинского, викария Новгородской епархии.

В нач. 1913 г. викарный еп. Тихвинский Андроник (Никольский) получил назначение на самостоятельную кафедру в Омск. На освободившуюся вакансию второго викария архиеп. Арсений предложил Святейшему Синоду назначить архимандрита Алексия. 28 марта 1913 г. последовал указ Синода «О бытии ректору Новгородской духовной семинарии архимандриту Алексию епископом Тихвинским, вторым викарием Новгородской епархии». По желанию архиеп. Арсения хиротония его ученика должна была проходить с особой торжественностью. Владыка пригласил в Новгород Патриарха Антиохийского и всего Востока Блаженнейшего Григория IV, находившегося в России в связи с празднованием 300-летия Дома Романовых. Архиеп. Арсений был знаком с Патриархом с 1900 г., когда, будучи ректором МДА, посетил с паломнической поездкой Ближ. Восток, и все последующие годы состоял в переписке. Поздно ночью 26 апр. Антиохийский Патриарх прибыл в Новгород, где был торжественно встречен Новгородским владыкой, духовенством, губернскими властями и народом. 27 апр. во Входо-Иерусалимском соборе Новгорода состоялось наречение архимандрита Алексия во епископа Тихвинского. Хиротония была совершена на следующий день, 28 апр., в Софийском соборе Новгородского кремля. Ее возглавил Патриарх Григорий IV в сослужении архиеп. Арсения (Стадницкого), епископов Никона (Рождественского), Псковского Евсевия (Гроздова), Кирилловского Иоанникия (Дьякова) и Гдовского Вениамина (Казанского).

В 1913–1921 гг. епископ Алексий находился практически безвыездно в Новгородской епархии и фактически управлял ею. Это было связано с тем, что правящий архиеп. Новгородский Арсений (Стадницкий) большую часть времени пребывал в С.-Петербурге, участвуя в деятельности Гос. Совета, Святейшего Синода и синодальных учреждений, позже (в апр.— июле 1917) — в работе Предсоборного Совета, готовившего Поместный Собор Российской Церкви, и в открывшихся в авг. 1917 г. заседаниях Поместного Собора. Епископ Алексий решал все епархиальные дела, вел переписку с приходами, принимал духовенство и мирян из различных уголков епархии, совершал богослужения в кафедральном соборе и выезжал на богослужения в приходы епархии. Будучи заместителем председателя Новгородского церковно-археологического об-ва, учрежденного в 1913 г., епископ Алексий содействовал ремонту и реставрации церквей, мон-рей, сохранению и изучению храмовой живописи, собиранию и хранению икон, документов и книг. В годы первой мировой войны Новгородская губ. была объявлена на военном положении, епархиальный дом был передан под лазарет для раненых воинов. Епископ Алексий организовал патриотическую деятельность епархиальных учреждений, напутствовал воинские подразделения, уходившие на фронт, выступал с патриотическими проповедями, был инициатором церковных сборов на нужды семей военнослужащих, призывал верующих оказывать помощь армии, всемерно сотрудничал с гражданскими, земскими и благотворительными организациями. В дек. 1916 г. в Новгороде побывала св. мученица императрица Александра Феодоровна с дочерьми. В поездках по Новгороду их сопровождал епископ Алексий, ставший к тому времени уже первым викарием епархии и одновременно настоятелем Варлаамо-Хутынского мон-ря.

В первые недели Февральской революции 1917 г. в Новгород поступали отрывочные сведения о происходивших в Петрограде событиях. Епископ Алексий. не имел никакой связи ни с архиеп. Арсением, ни со Святейшим Синодом. Новгородский губернатор был отрешен от власти, в городе действовал новый орган управления — Комитет общественного спокойствия. 5 марта епископ Алексий выпустил воззвание, которое оглашено было во всех храмах, повсеместно расклеено в виде листовок и воспроизведено во всей губернской периодической печати. В нем владыка Алексий. призывал православную паству со смирением принять свершившиеся политические изменения, выполнять законные требования новой власти. 29 апр. 1917 г. Святейший Синод в послании к верующим сообщил о том, что Российская Церковь начинает подготовку Поместного Собора, на котором предполагалось решить многообразные вопросы церковной жизни, а также говорилось о введении выборного начала при замещении архиерейских кафедр. Летом — осенью 1917 г. почти во всех епархиях РПЦ прошли епархиальные съезды, на которых или подтверждались полномочия правящих архиереев, или происходило избрание новых. Съезд Новгородской епархии единодушно поддержал правящего архиерея и его викарного епископа Алексия.

Октябрьская революция 1917 г. вновь изменила государственный строй в России. Среди первых документов советской власти был декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» (23 янв. 1918), согласно которому Церковь была отделена от государства, церковная собственность национализирована, религиозные общества лишены прав юридического лица, государственная школа стала светской. Поместный Собор РПЦ 25 янв./7 февр. охарактеризовал декрет как «злостное покушение на весь строй жизни православной Церкви», «акт открытого против нее гонения». В Октябрьской революции епископ Алексий видел продолжение предшествующих революционных событий, он назвал это время «несчастнейшей полосой в жизни России», наказанием за великое преступление — «свержение единственно законной, Богом поставленной власти», искупить которое можно будет лишь тяжкими испытаниями (письмо от 28 окт. 1917 — Письма Патриарха Алексия. С. 81). Через 2 недели епископ Алексий писал: «По всему видно, что святая Церковь наша вступает в полосу тягчайших бедствий и злостраданий и что нам, архипастырям и пастырям, предстоит много скорбей, и лишений, и страданий, быть может. Тому, кто верует, что, по слову Божию, Церковь Христова неодолима и что нынешняя, земная жизнь каждого человека есть лишь скорбная и неизбежная малая частица вечного бытия, можно этим утешаться и надо только просить у Господа до конца остаться Ему верным и не изнемочь под тяжестью креста» (Там же. С. 92).

С кон. 1918 г. в некоторых сев. губерниях России отмечались отдельные случаи вскрытия мощей святых, находившихся в храмах и мон-рях. 14 февр. 1919 г. Наркомат юстиции издал постановление об организованном вскрытии мощей специальными комиссиями. Результаты этих акций зачастую становились предлогом для закрытия церквей и мон-рей, ареста духовенства и активных мирян. Использовались они и в антирелигиозной устной и печатной пропаганде. В этих условиях Патриарх Тихон 17 февр. 1919 г. обратился к епархиальным архиереям с письмом, в котором предлагал «по обстоятельствам времени… устранить всякие поводы к соблазну в отношении святых мощей во всех тех случаях, когда и где признано будет… необходимым и возможным» (Акты свт. Тихона. С. 158). На нач. апреля власти Новгородской губ. наметили публичное вскрытие мощей, находившихся в ряде храмов, в т. ч. и в Софийском соборе Новгорода. Накануне, во исполнение указа Патриарха, епископ Алексий вместе с духовенством осмотрел в нескольких храмах епархии раки с мощами святых. 3 апр. состоялось вскрытие мощей властями в новгородской Софии, останки святых были выставлены на всеобщее обозрение в Входо-Иерусалимском соборе Новгородского кремля и по истечении месяца возвращены на место. Епископ Алексий в губернской газ. «Звезда» (1919. 10 апр. № 92) в статье «Что такое мощи?», опубликованной после проведенного вскрытия, писал, что «решительно должны отпасть легенды о том, будто в раках заключается что-то искусственное, не имеющее отношения к угодникам. Впрочем, не желающие верить не поверят и самой очевидности… Мы же, служители Церкви и все верующие заветам Христа, Спасителя мира, не должны смущаться и не смущаемся никакою силою неверия и бесстрашно должны нести всякие испытания нашей верности Господу Иисусу и Его Божественному учению».